Aoyama jest dociekliwym czwartoklasistą, który od najmłodszych lat interesuje się nauką. Jego spokojne życie zmienia się, gdy nagle w rodzinnym mieście zaczynają pojawiać się tajemnicze pingwiny. Fascynujące zwierzęta wydają się nie mieć racjonalnego wyjaśnienia swojej obecności, co pobudza chłopca do rozpoczęcia własnego śledztwa. Aoyama szybko odkrywa, że niezwykłe zjawiska mają związek z sympatyczną i enigmatyczną asystentką stomatologiczną, do której żywi szczególną sympatię. Razem z przyjaciółmi próbuje rozwiązać zagadkę pochodzenia pingwinów, przy okazji odkrywając, że granica między światem codziennym a fantastyką może być bliżej, niż przypuszczał. Pełen humoru, uroku oraz filozoficznych refleksji film „Penguin Highway” opowiada o dojrzewaniu, ciekawości świata oraz o niezwykłych zjawiskach kryjących się w codzienności.
