Makoto Yuuki przeprowadza się do nowego miasta, aby uczęszczać do prestiżowej szkoły średniej Gekkoukan. Już wkrótce odkrywa niezwykły sekret znany jako „Mroczna godzina”, tajemnicza dodatkowa godzina ukryta między kolejnymi dniami, podczas której większość ludzi zamiera, a świat staje się miejscem grozy zamieszkanym przez potworne istoty zwane Cieniami. Aby walczyć z zagrożeniem, Makoto dołącza do organizacji SEES – grupy młodych ludzi posiadających zdolność przyzywania potężnych duchowych manifestacji zwanych Personami. Konfrontując się ze swoimi słabościami oraz desperacko próbując uchronić rzeczywistość przed zagładą, bohaterowie będą musieli stawić czoła własnym mrokom i pogodzić się z przemijaniem czasu oraz nieuniknioną śmiercią. Persona 3 the Movie 1: Spring of Birth to mroczny, pełen psychologicznego napięcia film, łączący akcję fantasy, elementy szkolnego życia oraz filozoficzne pytania o sens istnienia.
