„Persona 3 the Movie 3: Falling Down” to kolejna odsłona ekscytującej serii anime, w której grupa uczniów tajnej organizacji SEES musi stawić czoła ciemnym siłom. Gdy zbliża się koniec jesiennej pory roku, członek Stregi, Chidori Yoshino, porywa Junpei Iori. W tym samym czasie, Makoto Yuuki i członkowie SEES eliminują Arcanę Wisielca. Po tym wydarzeniu, do klasy 2-F w Gekkoukan High School przenosi się tajemniczy playboy Ryouji Mochizuki.
Choć członkowie SEES myślą, że osiągnęli swój cel, Tartarus i Mroczna Godzina w dalszym ciągu istnieją, niezwykle zaniepokojeni ich pozorną porażką. Muszą poradzić sobie ze swoimi osobistymi problemami i odkryć, dla kogo naprawdę walczą. W miarę jak postępuje samopoznanie Makoto i Junpeiego, odkrywana jest tożsamość Ryoujiego i powód nienawiści Aegis do niego.