Ash Ketchum wraz z przyjaciółmi, Misty i Brockiem, otrzymują tajemnicze zaproszenie od potężnego trenera Pokémonów, który pragnie zmierzyć się z najlepszymi na świecie. Udając się niespodziewanie na odległą wyspę, bohaterowie odkrywają, że za zaproszeniem stoi Mewtwo—zagubiony i zbuntowany Pokémon stworzony sztucznie w wyniku eksperymentów genetycznych naukowców. Kierowany pragnieniem zemsty na ludziach, Mewtwo dąży do udowodnienia swojej wyższości względem swych pierwowzorów. Gdy dochodzi do starcia między Mewtwo a legendarnym Pokémonem Mew, Ash i jego drużyna stają się świadkami epickiej walki o tożsamość, pochodzenie oraz znaczenie prawdziwej siły i przyjaźni. Film ten, pełen akcji, emocji oraz ważnych moralnych przesłań, porusza kwestie łączące ludzi i Pokémony, a także granice odpowiedzialności człowieka za swoje kreacje.
