„Pokemon XY&Z” to kontynuacja podróży Satoshi i jego przyjaciół po regionie Kalos. Po zdobyciu przez Satoshi siódmego odznaki siłowni, grupa przemieszcza się do następnego miasta, gdzie Eureka odkrywa tajemniczego pokemona, którym nie potrafią zidentyfikować nawet nowe Pokemony Satoshi i Sereny. Z czasem okazuje się, że ten nieznany Pokemon, zwany Puni-chan jest celem tajemniczej grupy w czerwonych strojach – Team Flare. Planują oni wykorzystać pokemona do swoich celów, ale Satoshi i przyjaciele postanawiają przeciwstawić się ich planom. W tym samym czasie Gojika przewiduje nadchodzące problemy, Satoshi dąży do zdobycia ostatniej odznaki siłowni, a Serena stara się zdobyć swój ostatni klucz księżniczki, aby móc wziąć udział w TriPokalon Master Class. Jednak pojawienie się Team Flare wprowadza zamęt, a historie z „Pokemon XY” i „Pokemon XY: Mega Evolution” krzyżują się, stwarzając wielkie zagrożenie dla całego regionu Kalos.