W świecie, w którym żyją jedynie Pokemony, młody bohater budzi się bez pamięci jako Pokemon i szybko odkrywa, że został przemieniony z człowieka. Aby odzyskać swoje wspomnienia, dołącza do drużyny ratunkowej odkrywców nieznanych lochów. Razem z nowymi przyjaciółmi musi stawić czoła tajemniczym zagrożeniom, przemierzając lochy pełne niebezpieczeństw i sekretnych przejść. Kiedy okazuje się, że równowaga czasu i ciemności jest zagrożona, bohaterzy są zmuszeni odbyć ostateczną podróż przez przeszłość i przyszłość, by ocalić świat przed zbliżającą się katastrofą. „Pokemon Fushigi no Dungeon: Sora no Tankentai – Toki to Yami wo Meguru Saigo no Bouken” cechuje się ciepłą, pełną przyjaźni atmosferą przygody, której towarzyszy nutka tajemnicy, wzruszeń oraz epickich odkryć.
