Setki milionów lat temu Genesect zamieszkiwały ośnieżone góry, które dziś już nie istnieją. Po eonach zapomnienia, kilka ocalałych z tego pradawnego gatunku powraca, zdeterminowane znaleźć nowe schronienie. Pod przewodnictwem błyszczącego Genesecta i z towarzystwem legendarnego Mewtwo, wkraczają do tętniącego życiem New Tork City, błędnie rozpoznając miejską dżunglę za dawną ojczyznę. Zajmują centrum miasta, wypierając inne Pokémony i wprowadzając chaos wśród mieszkańców.
Gdy konflikt między Genesectami a Mewtwo narasta, grozi zniszczeniem całego miasta. Satoshi (Ash) wraz z przyjaciółmi staje przed największym wyzwaniem: muszą powstrzymać niepowstrzymaną siłę, pojednać walczące Pokémony i uratować New Tork City. Dynamiczna atmosfera, widowiskowe walki i refleksja nad miejscem każdego gatunku w zmieniającym się świecie tworzą emocjonującą opowieść o przynależności i potrzebie akceptacji.
