„RahXephon” to historia o Ayato Kaminie, zwykłym licealiście, którego życie staje na głowie, gdy Tokio jest atakowane przez futurystyczne myśliwce. W chaosie spotyka Harukę Shitow z tajnej organizacji TERRA, która ujawnia mu, że cały czas mieszkał w bańce czasu, Tokyo Jupiter, stworzonej przez Mulian – istoty z innego wymiaru. Ta bańka miała na celu izolację i przejęcie Tokio. Ayato, zszokowany tym objawieniem, ucieka i napotyka swoją koleżankę z klasy, Reika Mishima, która prowadzi go do „Świątyni Xephon”, w której śpi wielkie jajo. Kiedy Reika zaczyna śpiewać, w Ayato budzi się nieznana moc, łącząc go z istotą o nazwie RahXephon. Teraz Ayato musi zdecydować, po której stronie stanąć – Mulian czy TERRA – i przebrnąć przez swoje zmienione wspomnienia, aby odkryć swoją tożsamość w tym nowym chaosie.