W niedalekiej przyszłości światem rządzą zaawansowane technologie komputerowe, a codzienne życie ludzi jest ściśle związane z siecią cyfrową. Młody bohater Netto Hikari wraz ze swoim wiernym partnerem – cybernetycznym wojownikiem zwanym Rockmanem EXE – staje po raz kolejny przed poważnym zagrożeniem. Z tajemniczego cyfrowego świata przybywają istoty określane mianem Duo, pragnące ocenić ludzkość pod względem groźby, jaką może stwarzać dla całego uniwersum. Netto i Rockman muszą stawić czoła nowym przeciwnikom, jednocześnie starając się przekonać Duo o dobrych intencjach ludzi. Seria łączy dynamiczną akcję, widowiskowe walki w cyberprzestrzeni i pozytywne przesłania przyjaźni oraz współpracy, osadzone w barwnej, futurystycznej estetyce.
