W niedalekiej przyszłości Internet ewoluował w wirtualny świat zamieszkany przez programy o nazwie NetNavi, pełniące funkcję cyfrowych towarzyszy ludzi. Seria koncentruje się na przygodach dzielnego ucznia Lan Hikari (Netto Hikari), którego NetNavi – bohater o imieniu MegaMan.EXE (Rockman.EXE) – bierze udział w cyfrowych bitwach chroniących sieć przed cyberprzestępcami i tajemniczą organizacją World Three (WWW). Lan i MegaMan muszą stawić czoła rosnącemu zagrożeniu oraz nauczyć się współpracy, aby ocalić zarówno wirtualną przestrzeń, jak i rzeczywistość. Łącząc wartką akcję, nowoczesną technologię oraz podkreślając wartość przyjaźni i odwagi, anime „Rockman.EXE” zapewnia pełną emocji podróż przez skomputeryzowany świat, który nieustannie testuje determinację młodych bohaterów.
