Po burzliwych wydarzeniach ery Bakumatsu Japonia wkroczyła w epokę Meiji, erę gwałtownych zmian społecznych i politycznych. Legendarny zabójca znany jako Battousai – teraz pod przybranym imieniem Kenshin Himura – porzucił dawną drogę przemocy, przyrzekając, że już nigdy nie odbierze życia. Spokojne dni Kenshina u boku towarzyszy z dojo Kamiya zakłóca pojawienie się Makoto Shishio, bezwzględnego wojownika, pragnącego obalić nowe rządy i zemścić się na społeczeństwie, które go porzuciło.

Zmierzając do Kyoto, Kenshin zmuszony jest zmierzyć się z widmem własnej przeszłości, by powstrzymać nadciągającą wojnę domową. W obliczu rosnącego zagrożenia będzie musiał ponownie wziąć miecz do ręki, tym razem jednak trzymając się z dala od ścieżki zabójcy. Czy były morderca, naznaczony bliznami przeszłości, odnajdzie drogę odkupienia i zdoła ochronić pokojową erę, którą pomógł stworzyć?

Seria nasiąknięta dramatem, akcją i filozoficzną refleksją o winie, przebaczeniu oraz cenie, jaką niesie wojna.