„Saber Marionette R” to pełna akcji opowieść o Jr., spadkobiercy Romany i jego bojowych marionetkach, Cherry i Lime, które posiadają dziewczęce obwody. Ich spokojne życie w Romanie zostaje zakłócone, gdy zły Star-Face i jego sexadolls atakują miasto, z zamiarem przejęcia władzy. Star-Face musi najpierw pokonać Jr’a, aby zostać kolejnym Wysokim Urzędnikiem i władcą Romany. Rozpoczyna się walka nie tylko o życie Jr’a, ale o całą Romanę.