„Sakugan” to ekscytująca opowieść osadzona w podziemnym labiryncie „Labyrinth”, gdzie ludzkość zaadaptowała się do życia w gniazdach zwanymi „kolonie”. W świecie, gdzie powierzchnia stała się odległym wspomnieniem, obywatele kolonii obejmują różne specjalizacje, takie jak „Workers”, którzy wydobywają cenne minerały, oraz „Markers”, którzy wędrują po niespodziewanie bujnym środowisku Labyrinth, przynosząc informacje ułatwiające nawigację. Niebezpieczeństwo jednak czyha na ludzkość w postaci monstrualnych stworzeń zwanych „kaijuu”. Mimo to, dziewięcioletnia absolwentka college’u, Memenpu, marzy o odkrywaniu nieskończoności labiryntu i poszukuje miejsca nieograniczonego skałą sufitu, mimo zdecydowanego sprzeciwu jej ojca. Jakie zmiany przyniesie ta pełna adrenaliny przygoda dla ludzkości?