Minęły dwa lata, odkąd Tetsurou Hoshino powrócił na Ziemię po niezwykłej podróży galaktycznym pociągiem 999. Świat, który opuścił, zmienił się diametralnie: Ziemianie cierpią pod jarzmem bezwzględnych maszyn, a ludzkie życie stało się tanim towarem. Pewnego dnia chłopak otrzymuje tajemniczą wiadomość od Maetel—dziewczyny, która niegdyś odmieniła jego los—zapraszającą go ponownie na pokład Galaxy Express 999. Z nadzieją na spotkanie oraz nowymi pytaniami, Tetsurou wyrusza w kolejną podróż ku odległej galaktyce Andromedy. Po drodze musi zmierzyć się z mrocznymi sekretami wszechświata, własnymi lękami oraz ostatecznie dokonać dramatycznych wyborów wobec przyszłości ludzkości. „Sayonara Ginga Tetsudou 999: Andromeda Shuuchakueki” to melancholijna, pełna refleksji historia o dorastaniu, poszukiwaniu swojego miejsca we wszechświecie i ostatecznym pożegnaniu z dzieciństwem.
