Dziewczęta ze szkół shinobi znów stają do walki! Po zakończeniu brutalnego turnieju shinobi, Asuka, Yumi oraz ich towarzyszki zjawiają się w Tokio, gdzie czeka na nie nowa, groźniejsza misja—powstrzymanie wzrastającego zagrożenia ze strony tajemniczych Youma. Kiedy najmroczniejsze istoty zaczynają terroryzować miasto, shinobi muszą zjednoczyć siły niezależnie od dawnych konfliktów i różnic między frakcjami. Na tle nowoczesnej metropolii bohaterki mierzą się z nieznanym zagrożeniem, które zmusi je do przekroczenia własnych granic siły i odwagi. Echa przeszłości powracają, gdy shinobi odkrywają tajemnice wpływające na los nie tylko Tokio, lecz całego świata ninja. Czy wspólne działania wystarczą, aby pokonać wszechobecne zło? Humor, akcja oraz emocjonalne więzi stanowią podstawę opowieści, w której rozgrywa się decydująca walka pomiędzy światłem a ciemnością.

