Minęło kilka lat od wydarzeń znanych z oryginalnej serii „Kimagure Orange Road”. Kyosuke Kasuga, młody fotograf próbujący odnaleźć swoje miejsce w dorosłym życiu, musi nagle zmierzyć się z kolejnym emocjonalnym wyzwaniem. Po nieoczekiwanym incydencie trafia do szpitala, gdzie następują tajemnicze komplikacje związane z jego nadprzyrodzonymi zdolnościami. Powracają wspomnienia dawnej miłości oraz niezdecydowania między uczuciami wobec dwóch bliskich mu dziewczyn, Madoki i Hikaru. Osadzona w atmosferze nostalgii, letnich wspomnień i subtelnej melancholii historia ukazuje początki prawdziwej dojrzałości Kyosuke oraz powolne pogodzenie się z przeszłością. Shin Kimagure Orange Road: Soshite, Ano Natsu no Hajimari to sentymentalny portret miłości, dorosłości i wyborów, przed jakimi stoi młody człowiek, u progu nowego etapu swojego życia.
