„Shin Tenchi Muyou!” to historia o przygodach Tenchi Masaki, który udaje się na studia do Tokio! Jednak nie wszyscy są zadowoleni z jego decyzji, zwłaszcza przyjaciółki Tenchi, które nie mogą znieść myśli o nim samotnym. Wkrótce w Tokio Tenchi spotyka miłą i pełną współczucia Sakuyę Kumashiro, która pomaga mu zaaklimatyzować się w nowym mieście.
Szybko stają się przyjaciółmi, ale Sakuya chce czegoś więcej, więc wyznaje mu swoją miłość. To nie tylko zaskakuje Tenchi, ale i dziewczyny z jego rodzinnej miejscowości. Stawiając wszystko na jedną kartę, przyjaciółki Tenchi zrywają się do Tokio, by zdobyć jego serce.
W obliczu konfliktu dla Tenchi najważniejszą decyzją będzie wybór, która z kobiet jest dla niego najważniejsza. Nie ułatwiają mu tego zaskakujące wydarzenia, które oddzielają go od najbliższych.