Tenchi Masaki, nastolatek obdarzony niezwykłymi umiejętnościami, postanawia opuścić rodzinny dom na wsi i przeprowadzić się do Tokio, by wieść bardziej samodzielne życie oraz zdobyć doświadczenia wielkiego miasta. W nowym otoczeniu uczęszcza do liceum, próbując prowadzić normalne życie, ale szybko odkrywa, że jego dawne przyjaciółki z kosmosu nie zamierzają pozwolić mu o sobie zapomnieć. Kiedy Ayeka, Ryoko, Sasami i reszta towarzystwa pojawiają się w Tokio, codzienne życie Tenchiego ponownie wywraca się do góry nogami. Chłopak stara się utrzymać równowagę między szkołą, nowymi znajomościami oraz kosmicznymi konfliktami, które przyciąga niczym magnes. Seria Shin Tenchi Muyou! łączy komedię, romans i elementy science fiction, przedstawiając perypetie młodego człowieka uwikłanego między realiami nastoletniego życia, a problemami o kosmicznych proporcjach.