Akcja anime rozgrywa się w alternatywnej wersji Europy na początku XX wieku, podczas wojny przypominającej II wojnę światową. Księżniczka małego, ale dumnego kraju Eylstadt – Fine – walczy desperacko o ochronę swego narodu przed potężnym imperium Germanian. Gdy sytuacja wydaje się beznadziejna, Fine przypadkiem spotyka dawno zaginioną przyjaciółkę z dzieciństwa – Izetta, ostatnią żyjącą wiedźmę obdarzoną niezwykłą mocą używania magii. Wkrótce słynąca z legendarnych sił czarownica staje obok księżniczki, by odmienić losy wojny. Jednak magia nie jest wszechmocna, a jej użycie wiąże się z dużym ryzykiem i ograniczeniami. Shuumatsu no Izetta opowiada emocjonującą historię o poświęceniu, przyjaźni, odwadze i walce z brutalnością wojny, ukazując dramatyczny konflikt złowrogich imperiów, oraz kruche życie bohaterów uwikłanych w tragiczną historię Europy.
