Wyspa Tatsumiya wciąż trwa, otoczona niekończącą się równowagą między pokojem a zagrożeniem. W cieniu nowej codzienności ludzie starają się odnaleźć momenty spokoju, choć zagrożenie Festum—tajemniczych istot zagrażających przetrwaniu ludzkości—pozostaje realne. Kazuki Makabe oraz Soushi Minashiro i ich towarzysze wciąż wykonują ostatnie przygotowania do kolejnych bitew, starając się uchwycić ulotne chwile normalnego życia. „Soukyuu no Fafner: Behind the Line” przedstawia historie i sytuacje, które mają miejsce między wydarzeniami ukazanymi w poprzednich odsłonach serii. Nastolatkowie żyjący w cieniu ciągłej wojny i ryzyka muszą zmierzyć się z własnymi emocjami i wahaniami, poszukując czegoś więcej niż tylko przetrwania. Czy będą w stanie zachować swoje człowieczeństwo i nadzieję w świecie nieustannych konfliktów? Seria łączy dramatyczną, pełną melancholii atmosferę, zainspirowaną pytaniami o sens życia i cenę pokoju, z przejmującymi scenami walki mecha.
