Po dramatycznych wydarzeniach pierwszej części „Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor – Exodus”, mieszkańcy wyspy Tatsumiyajima muszą ponownie zmierzyć się z nadciągającą groźbą ze strony nieustępliwej obcej rasy o nazwie Festum. W świecie wyniszczonym przez wojnę i konflikt, młodzi piloci maszyn bojowych zwanych Fafner walczą o przetrwanie swoich bliskich oraz całej ludzkości. Centralne postacie, m.in. Kazuki Makabe i Soushi Minashiro, zostają uwikłane w desperacką próbę powstrzymania kolejnej fali ataków, poszukując przy tym trudnych odpowiedzi na pytanie o naturę człowieczeństwa oraz granice poświęcenia. Drugi sezon kontynuuje wciągającą opowieść pełną napięcia, refleksji i emocjonalnych momentów, a uczucia przyjaźni, nadziei i odwagi stanowią nieustanne wyzwanie wobec bezlitosnego chaosu wojny.
