Historia przedstawiona w „Soukyuu no Fafner: Right of Left – Single Program” przedstawia wydarzenia, które poprzedzają fabułę oryginalnej serii „Soukyuu no Fafner”. Akcja rozgrywa się w odizolowanej wyspiarskiej społeczności, która od długiego czasu prowadzi desperacką walkę o przetrwanie z tajemniczym przeciwnikiem – obcą rasą znaną jako Festum. W cieniu wojny grupa młodych pilotów staje przed dramatyczną misją obrony swojego domu. Yumi Ikoma oraz Ryou Masaoka to dwójka nastolatków wybranych, by zasiąść za sterami potężnych mechów zwanych „Fafnerami”. W obliczu śmiertelnego zagrożenia oraz przytłaczających tajemnic dorośli skrywają brutalną prawdę, podczas gdy młodzi piloci muszą zmagać się z nadchodzącymi trudnymi decyzjami. Anime prezentuje poważną, melancholijną atmosferę, koncentrując się na emocjonalnych rozterkach bohaterów, cenie poświęcenia, przyjaźni i woli walki o przyszłość ludzkości.
