„Soukyuu no Fafner: Dead Aggressor – Right of Left” to historia o dzieciach, Yumi Ikoma i Ryou Masaoka, które zostały wybrane do przeprowadzenia tajnej misji. Mają pilnować pierwszych jednostek bojowych Fafner – ostatniej szansy na przetrwanie ludzkości. Wrogi jest bezlitosny, bezwzględny i ma możliwość czytania ludzkich myśli. Szczegóły tej misji są utajnione nawet dla zaangażowanego personelu. Młodzi piloci muszą użyć całej swojej odwagi i wiary, aby przetrwać i zakończyć misję, czy w przeciwnym razie los ludzkości byłby zagrożony.