Po przebudzeniu się w spokojnej klasie i pozornie zwyczajnym szkolnym życiu, Nagito Komaeda czuje, że coś nie jest do końca tak, jak być powinno. Otoczony przez przyjaciół i prowadząc zwykłe dni nastolatka, Nagito zaczyna wątpić w rzeczywistość, w której się znalazł. Kiedy tajemnicze wydarzenia zaczynają burzyć sielankową rutynę, bohater będzie musiał stanąć twarzą w twarz ze swoją prawdziwą naturą oraz z siłą, która grozi zniszczeniem całego jego świata. Przepełniona zagadkami, mrocznym humorem oraz charakterystyczną dla serii „Danganronpa” atmosferą niepewności, „Super Danganronpa 2.5: Komaeda Nagito to Sekai no Hakaimono” przedstawia historię pełną psychologicznego napięcia, gdzie granica pomiędzy iluzją a rzeczywistością stopniowo się zaciera.
