„Super Robot Taisen OG: Divine Wars” przenosi nas dwieście lat od początku Ery Kosmicznej, gdy ludzkość na Ziemi zaczęła ekspansję w przestrzeń kosmiczną. Niestety, na początku XXI wieku, dwa meteory uderzyły w planetę, pogrążając ludzkość w chaosie. Rząd Ziemi odkrywa tajemniczą technologię zwaną Extra-Over Technology (EOT) po uderzeniu trzeciego meteorytu. Dr Bian Zoldark, szef instytutu EOTI, dowodzi, że twórcy EOT zmierzają na Ziemię, aby ją odzyskać… lub co gorsza, ją zaatakować. Aby bronić ludzkości przed zagrożeniami z kosmosu, rząd rozpoczyna badania i rozwija humanoidne mechy zwane Personal Troopers.