„Toaru Majutsu no Index III” to finałowa część oryginalnej serii, która opowiada o niekończących się zmaganiach Touma Kamijou. Po inwazji na Miasto Akademii, rosną napięcia polityczne między frakcją nauki a magii. Wygląda na to, że Miasto Akademii ma zamiar wypowiedzieć wojnę Kościołowi rzymskokatolickiemu, co może pogrążyć cały świat w globalnym konflikcie. Touma ponownie staje na pierwszej linii frontu, dążąc do ochrony swoich przyjaciół i sojuszników.