Chizuru i Yuudai to młoda para mieszkająca we współczesnym Tokio. Oboje mają za sobą nieudane związki i oboje czują, że tym razem miłość wymaga wyjątkowej odwagi. Chizuru marzy jedynie o zwykłym szczęściu, ale brak odwagi często staje na przeszkodzie. Yudai, próbując przezwyciężyć swoją niepewność, planuje wyjątkową randkę, na której zamierza wyznać ukochanej swoje uczucia. Jednak nieporozumienie prowadzi do zupełnie nieoczekiwanych komplikacji, gdy do sytuacji wtrąca się małe, figlarne stworzenie. „Tokyo Marble Chocolate” przedstawia romantyczną historię odkrywania własnych uczuć, ukazując perspektywę obojga protagonistów, a wszystko to w subtelnej, urokliwej atmosferze zimowego Tokio, wypełnionego przedświąteczną magią i prawdziwymi emocjami. Seria ciepło i subtelnie opowiada o miłości, nieporadności w komunikacji oraz o pokonywaniu niepewności, stojącej na drodze do realizacji marzeń dwojga młodych ludzi.
