„Tonari no Seki-kun” to historia o Rumi Yokoi, która próbuje skupić się na nauce w szkole, ale ciągle rozprasza ją Toshinari Seki, jej kolega siedzący obok. Seki ma obsesję na punkcie tworzenia skomplikowanych konstrukcji z różnych przedmiotów, od domino na biurku po bitwy toczone na planszy do shogi. Yokoi usilnie próbuje skupiać się na lekcjach, jednak ciągle zostaje wciągnięta w intrygujące dziwactwa Sekiego, co zazwyczaj kończy się kłopotami u nauczyciela. Na szczęście, lekcje nigdy nie są nudne dzięki Seki!