Załoga kosmicznego pancernika Yamato po zwycięskiej misji na planecie Iscandar powraca na Ziemię, lecz ich spokojna podróż szybko zmienia się w dramatyczną walkę o przetrwanie. Przechwytując sygnał nieznanego pochodzenia, bohaterowie natrafiają na tajemniczą arkę międzygwiezdną, skrywającą sekrety dawno zapomnianej cywilizacji. Dowodzeni przez kapitana Juuzou Okita i dzielnego oficera Susumu Kodai muszą stawić czoła nowemu, śmiertelnie niebezpiecznemu przeciwnikowi, a zarazem chronić tajemnice, które mogłyby na zawsze odmienić przyszłość całej ludzkości. „Uchuu Senkan Yamato 2199: Hoshimeguru Hakobune” to pełna widowiskowych bitew kosmicznych historia, która łączy elementy klasycznej space opery z głębokim przesłaniem o odwadze, lojalności i nadziei w obliczu nieznanego.
