„Vanitas no Karte Part 2” kontynuuje przygodę Vanitasa i Noé Archiviste, którzy udają się do miasteczka Gévaudan, by odnaleźć „Bestię” – olbrzymiego, wilkopodobnego stwora odpowiedzialnego za śmierć setek ludzi. Vanitas podejrzewa, że Bestia to wampir noszący klątwę i stara się go uzdrowić za pomocą swojego grimuaru.
Podczas wyprawy dwójka bohaterów zostaje od siebie oddzielona i niespodziewanie przenoszą się do przeszłości, tuż przed momentem, kiedy Bestia zaczaiła się w lesie. Po walce z wielkim wilkiem i łowcą wampirów, Vanitas postanawia dołączyć do Jeanne, by wspólnie odnaleźć Noé. Mimo sojuszu, cele Jeanne są zupełnie przeciwne do celów Vanitasa – jej zadaniem jest zabić Bestię.
Tymczasem ciężko ranny Noé zostaje odnaleziony przez tajemniczą Chloé d’Apchier i jej służącego. Wkrótce Noé odkryje, że Chloé może sprzymierzyć się z siłami o wiele bardziej niebezpiecznymi od samej Bestii.