Violet Evergarden, dawna żołnierka poszukująca znaczenia słów „kocham Cię”, kontynuuje swoją pracę jako Automatyczna Lalka Pamięci – osoba zajmująca się pisaniem listów wyrażających uczucia innych ludzi. Tym razem zostaje poproszona o pomoc szlachetnej panience Isabelli York, która jest więziona w pełnym rygorów świecie elitarnej szkoły dla młodych dam. Początkowo zdystansowana Isabella, cierpiącą z powodu samotności i braku nadziei, stopniowo otwiera się przed Violet, tworząc więź opartą na wzajemnym zrozumieniu.
Akcja ukazuje wzruszającą opowieść o stracie, tęsknocie i sile siostrzanych więzi, które mogą przetrwać próbę czasu. Historia utrzymana jest w typowym dla serii melancholijnym, emocjonalnym tonie, pełnym refleksji nad istotą miłości, przyjaźni oraz wpływie wspomnień na ludzkie życie. Tym samym Violet Evergarden Gaiden: Eien to Jidou Shuki Ningyou przedstawia unikatową, kameralną historię o nadziei i pięknie relacji, które potrafią odmienić życie człowieka.

