W spokojnym mieście Kazune, skąpanym w tajemniczej aurze nostalgii, młody Makoto Okano powraca po wielu latach rozłąki. Kiedy był małym chłopcem, zmuszony został opuścić miasto pozostawiając za sobą bliską przyjaciółkę z dzieciństwa, Hinatę. Teraz jako licealista pragnie odnowić dawne znajomości i odnaleźć utraconą więź z ukochanym miejscem swojego dzieciństwa. Miasto jednak okazuje się miejscem pełnym sekretów i nadnaturalnych fenomenów, z których każdy mieszkaniec skrywa własną tajemnicę. Podczas gdy Makoto ponownie spotyka Hinatę oraz nawiązuje nowe przyjaźnie, zaczyna rozumieć, że aura Kazune nie jest dziełem przypadku, a jego przeznaczenie jest ściśle powiązane z niezwykłymi wydarzeniami wokół niego.
Wind: A Breath of Heart przedstawia historię miłości, przyjaźni oraz poszukiwania własnej drogi w świecie, w którym rzeczywistość przeplata się z sekretami przeszłości.
