Yugi Mutou to nieśmiały licealista, którego życie zmienia się, gdy pewnego dnia układa starożytną egipską łamigłówkę nazywaną Układanką Milenijną. Po rozwiązaniu zagadki Yugi nieświadomie staje się gospodarzem tajemniczego alter ego – pewnej siebie mrocznej osobowości, znanej jako Yami Yugi. Razem ze swoimi przyjaciółmi musi stawić czoła złowrogim przeciwnikom w niebezpiecznych pojedynkach zwanych „grami cienia”, które ujawniają prawdziwą naturę ludzkich serc. Balansując między przyjaźnią a rywalizacją, Yugi wraz ze swoją mroczną stroną wykorzystują spryt, determinację oraz odwagę, by chronić najbliższe im osoby oraz odkryć tajemnice kryjące się za mocami Układanki Millenium. Seria utrzymana jest w mrocznej, tajemniczej atmosferze, mocno kontrastującej z późniejszymi adaptacjami anime Yu-Gi-Oh! które skupiają się bardziej na grach karcianych.