Z okazji dziesięciolecia serii „Yu-Gi-Oh!”, film przedstawia wyjątkowe spotkanie bohaterów trzech pokoleń. Yugi Mutou, Jaden Yuki oraz Yusei Fudo, bohaterowie ze świata „Yu-Gi-Oh!”, „Yu-Gi-Oh! GX” oraz „Yu-Gi-Oh! 5D’s”, spotykają się, aby przeciwstawić się tajemniczemu zagrożeniu, które zagraża nie tylko ich epokom, ale również całej przyszłości pojedynków karcianych. Stawką pojedynku jest sama przestrzeń i czas, a aby zwyciężyć, bohaterowie będą musieli połączyć swoje talie, doświadczenie oraz niezłomną wolę walki.
W widowiskowym starciu, które przekracza granice czasu, pokolenia legendarnych duelistów muszą współpracować i zaufać sobie nawzajem, by zatrzymać potężnego przeciwnika manipulującego czasem. „Yu-Gi-Oh! Movie: Chou Yuugou! Toki wo Koeta Kizuna” to pełna akcji, dramatycznych zwrotów fabuły i nostalgii przygoda podkreślająca siłę przyjaźni, odwagi oraz ducha rywalizacji, charakterystycznego dla serii Yu-Gi-Oh!.
