Yumeji Fujiwara od pewnego czasu posiada niezwykłą zdolność – potrafi przewidzieć rodzaje snów, jakie będą mieć ludzie wokół niego. Jednak coraz częściej nawiedzają go koszmary, w których tajemnicza postać próbuje przejąć kontrolę nad jego ciałem. Pewnego dnia spotyka dziewczynę o imieniu Merry Nightmare, osobliwą istotę z innego świata, która utraciła wspomnienia i szuka drogi powrotnej do rodzinnego miejsca znajdującego się w krainie snów. Razem Yumeji i Merry rozpoczynają walkę, by powstrzymać złośliwe stworzenia senne, próbujące przejść ze świata koszmarów do świata ludzi i zająć ludzkie ciała. Yumekui Merry to pełna przygód i tajemnic historia, w której świat snu i rzeczywistość splatają się w fascynujący, pełen emocji i napięcia sposób.