Zero Duel Masters rozgrywa się w alternatywnym uniwersum, gdzie młody duelist Shobu Kirifuda poniósł porażkę w decydującym pojedynku z Hakuoh w pierwszym sezonie. W obliczu tej przełomowej przegranej, Shobu staje się celem tajemniczej organizacji, która interesuje się jego unikalną zdolnością ożywiania stworzeń z Duel Masters. Wspierany przez oddanych przyjaciół, Shobu nie poddaje się i kontynuuje walkę na arenie duelowej, starając się dorównać swojemu ojcu i zdobyć tytuł następnego mistrza Kaijudo.
Seria przenosi widza w świat pełen magicznych kart, epickich pojedynków i intensywnej rywalizacji. Główny bohater mierzy się z własnymi słabościami oraz nowymi przeciwnikami, a centralnym motywem jest determinacja, przyjaźń i nieustępliwość w dążeniu do celu mimo porażek. Zero Duel Masters utrzymany jest w dynamicznym, pełnym emocji tonie, łącząc w sobie elementy fantasy, akcji i sportowej walki o marzenia.
