„Dr.” to animacja osadzona w roku 3000 na Ziemi, która została zniszczona przez broń masowego rażenia i zniszczenia środowiska. Samotna bohaterka, alter ego Amuro, jako jedyna ocalała, pragnie przywrócić planecie dawne piękno. Próbuje przekazać wiadomość o 'pokoju na świecie’, która przekracza granice czasu, do XXI wieku poprzez skok w czasie. Dziewczyna żyjąca w obecnych czasach (reprezentowana przez kolejne alter ego Amuro) odbiera tę wiadomość o pokoju na świecie.