„Dr. Stone: Ryuusui” to kontynuacja pełnej suspensu serii, w której Senkuu, mózg grupy, jednoczy siły z Tsukasa Shishiou, aby rozwikłać tajemnicę zielonego światła, które niegdyś spetryfikowało ludzkość. Aby to osiągnąć, Senkuu musi zbudować statek i popłynąć na drugą stronę świata.
W trakcie budowy statku, potrzebują kogoś, kto będzie w stanie nim pokierować. Ich wybór pada na skamieniałego Ryuusui Nanami – dziedzica największego morskiego konglomeratu, znanego ze swojej obszernej wiedzy o żaglówkach, ale nieprzyjemnej osobowości. Ryzykując, Senkuu postanawia go ożywić.
Po odkryciu, że w ich nowej cywilizacji nie ma praw własności, Ryuusui jest podekscytowany możliwością przejęcia wszystkiego dla siebie. Ale zanim zgodzi się odegrać kluczową rolę w ich nadchodzącej podróży i poprowadzić statek przez burzliwe morza, on i Senkuu muszą znaleźć „króla paliw” – ropę naftową.