Po pokonaniu licznych przeszkód Senkuu i jego przyjaciele są gotowi, aby wypłynąć na otwarty ocean w poszukiwaniu odpowiedzi oraz zasobów koniecznych do odbudowy cywilizacji. Jednak by stawić czoła wodom świata po tysiącach lat kamienia, potrzebują utalentowanego i śmiałego kapitana. Ich wybór pada na ryzykownego i charyzmatycznego Ryusuiego Nanamiego, młodego dziedzica wielkiej rodzinnej korporacji, którego pasję do morza przebija jedynie nieposkromione pragnienie posiadania wszystkiego, co świat może zaoferować.
Specjalny odcinek zatytułowany „Dr. STONE: Ryusui” stanowi preludium do dalszych przygód Senkuu i spółki, opowiadając o przebudzeniu nowego bohatera, którego determinacja, ambicja oraz nieukrywana pewność siebie znacząco wpłyną na losy odrodzonej ludzkości. Seria łączy komedię, akcję i elementy edukacyjne, kontynuując pełen optymizmu i energii klimat znany fanom Dr. STONE.
