„Gakuen Utopia Manabi Straight!” to poruszająca opowieść o grupie młodych dziewczyn z prywatnej żeńskiej szkoły średniej Seioh, rozgrywająca się w roku 2035. W związku z drastycznym spadkiem wskaźnika urodzeń, szkoły są zamykane z powodu braku uczniów. Szkoła Seioh również boryka się z niskim morale. Historia zaczyna się, gdy główna bohaterka, Manami Amamiya, przenosi się do Seioh. Po kilku początkowych przygodach z futurystycznym skuterem i piosenką szkolną, Manami zostaje prezydentką samorządu uczniowego. Razem z Mika Inamori, jedyną inną członkinią samorządu, oraz trzema innymi koleżankami z klasy, dziewczyny stawiają czoła wyzwaniom szkolnym, przygotowując się do nadchodzącego festiwalu uczniowskiego.