Gdy był dzieckiem, Ryouta Murakami stracił swoją najbliższą przyjaciółkę, Kuroneko, w tragicznym wypadku podczas próby udowodnienia istnienia istot pozaziemskich. Od tego czasu poczucie winy popycha go do obsesyjnych poszukiwań życia poza Ziemią. Jego codzienność przewraca się do góry nogami, gdy w szkolnej klasie pojawia się nowa uczennica wyglądająca niezwykle podobnie do zmarłej Kuroneko. Dziewczyna przedstawia się jako Neko Kuroha i posiada nadprzyrodzone moce, lecz twierdzi, że nigdy wcześniej nie spotkała Ryouty. Tajemnicza organizacja ściga Neko oraz inne nastolatki obdarzone mocami, tak zwane „wiedźmy”, które uciekły z ukrytej placówki badawczej. Ryouta wraz z Neko wkrótce znajduje się wplątany w sekretne intrygi, mroczne eksperymenty i walkę o przetrwanie. Młodzi bohaterowie stają przed groźnymi przeciwnikami i muszą odkryć ponurą prawdę o przeszłości oraz prawdziwe pochodzenie dziewczyn skrywających niebezpieczny sekret.

