Minęło już kilka miesięcy, od kiedy Sousuke Sagara — żołnierz należący do tajnej, antyterrorystycznej organizacji Mithril — otrzymał specjalne zadanie chronienia Chidori Kaname, zwyczajnej japońskiej licealistki obdarzonej wyjątkowymi umiejętnościami. Żyjąc na granicy dwóch światów, Sousuke próbuje pogodzić obowiązki zawodowego wojownika z codzienną rzeczywistością szkolnego życia, co wielokrotnie wystawia jego cierpliwość na próbę.
Jednak spokój szybko mija wraz z pojawieniem się tajemniczej organizacji Amalgam, która zagraża bezpieczeństwu całego świata oraz zakłóca życie chronionej przez niego dziewczyny. Zmuszony do konfrontacji z nowymi, groźnymi przeciwnikami, Sousuke będzie musiał odnaleźć równowagę pomiędzy odpowiedzialnością profesjonalisty a własnymi emocjami i rozterkami. Akcja nabiera dramatycznego tempa, a realia wojny mieszają się z obyczajowymi elementami codzienności. Nastaje czas, by Sousuke zdecydował, czy jest gotowy podjąć trudne wybory i pokonać własne słabości, aby chronić tych, na których najbardziej mu zależy.
