„Innocent Venus” to postapokaliptyczna historia, która ma miejsce w 2010 roku, kiedy to hiper-huragany spowodowały ogromne zniszczenia na całym świecie. Życie straciło pięć miliardów ludzi, a cywilizacja pogrążyła się w chaosie. Wraz ze zmianą geografii świata, bieda zaczęła rozkwitać poza strefami ekonomicznymi. Klasy rządzące, zwane Logos, utrzymują swoją pozycję siłą, natomiast ubogi, nazywany Revenus, jest zmuszany do egzystencji poza specjalnymi strefami ekonomicznymi. Katsuragi Jo i Tsurasawa Jin, uciekinierzy z organizacji Phantom, grupy odpowiedzialnej za kontrolowanie Revenus i tłumienie buntowników z Logos, porywają tajemniczą dziewczynę, Nobuto Sanę. Jej los wywołuje zainteresowanie wielu osób, każda z własnych powodów.