„Irregular Hunter X: The Day of Sigma” to anime osadzone w roku 21XX, gdzie po odkryciu starego laboratorium Dr. Lighta przez Dr. Caina, Reploidy stały się powszechne. Główny bohater, „Megaman X”, dołącza do łowców Mavericków pod dowództwem Generała Sigmę i jednostkę Zero. Ich zadaniem jest zwalczanie buntowniczych reploidów, które stały się agresywne.