W świecie przyszłości ludzkość koegzystuje z zaawansowanymi inteligentnymi robotami nazywanymi Reploidami. Oddział Irregular Hunters, dowodzony przez honorowego łowcę Sigmę, stoi na straży pokoju, chroniąc ludzi przed Reploidami, którzy zboczyli ze swojej ścieżki i stali się zagrożeniem. Historia skupia się wokół X – dzielnego, lecz rozważnego Irregular Huntera, zmagającego się z moralnymi dylematami związanymi z walką przeciwko własnemu gatunkowi. Kiedy pojawiają się nieoczekiwane incydenty i Sigma zaczyna wykazywać tajemnicze zachowania, wiara X w dotychczas obowiązujące zasady zostaje poddana próbie. Dramatyczny rozwój sytuacji stawia przed bohaterem pytania o istotę lojalności, wolną wolę oraz granice pomiędzy dobrem a złem. „Irregular Hunter X: The Day of Sigma” utrzymana jest w poważnym tonie, łącząc dynamiczną akcję z głębszymi przemyśleniami nad znaczeniem człowieczeństwa i odpowiedzialnością za dokonane wybory.
