„Kamui no Ken” to historia o młodym chłopaku o imieniu Jiro, który zostaje niesłusznie oskarżony o morderstwo swojej matki i siostry. Uciekając ze swojej wioski, spotyka księdza Tenkaia, który każe mu zabić zbuntowanego ninja o imieniu Tarouza. Po wykonaniu zadania, Jiro przechodzi szkolenie, aby stać się mistrzem asasyna. Po wielu latach Jiro odkrywa, że jest sierotą, a jego prawdziwym ojcem był Tarouza. Młody ninja dowiaduje się również, że Shogunat planuje odzyskać zaginiony skarb Kapitana Kidda, by ponownie izolować Japonię od reszty świata. Wykorzystując wskazówki, które Tarouza zachował w tajemnicy, Jiro wraz z żeńską ninja Oyuki i niewolnikiem Samem podróżuje do Rosji i Ameryki, aby odnaleźć skarb i zemścić się na Tenkai.