W odległej przyszłości ekspansja ludzkości w kosmos doprowadziła do kolonizacji różnych planet oraz rozwoju zaawansowanego technologicznie społeczeństwa. Jednak kosmiczne korporacje rywalizują bezwzględnie o dominację, zaś rozwój technologii mobilnych pancerzy Gundam wzbudza kontrowersje i obawy natury etycznej.
Fabuła koncentruje się wokół Elnory Samayi oraz jej małej córki Eri, związanych z tajemniczym projektem Gundam, który wzbudza rosnące napięcie między politycznymi frakcjami. Gdy eksperymentalna technologia Gundam zmienia się ze źródła nadziei w potencjalne zagrożenie, rodzina zostaje uwikłana w konflikt, który wpłynie na losy całego świata.
„Kidou Senshi Gundam: Suisei no Majo – PROLOGUE” prezentuje mroczny, pełen napięcia i emocji wstęp do opowieści, w której cena rozwoju i potęgi jest bardzo wysoka. Czy istnieje granica, której człowiek nie powinien przekraczać? Ta historia stanowi fundament dla dramatu, który rozegra się w głównej części serii.
