Tysiąc lat po katastrofalnym zniszczeniu Ziemi przez tajemniczą kosmiczną rasę obcych znanych jako Gauna, ludzkość trwa w podróży przez kosmos na pokładzie olbrzymiego statku o nazwie Sidonia. Historia koncentruje się wokół młodego chłopaka, Nagate Tanikaze, wychowanego w izolacji w podziemiach statku, który przypadkowo zostaje pilotem legendarnego mecha, zwanego Gardes. Jego umiejętności szybko zostają wystawione na próbę, gdy Gauna ponownie pojawiają się, zagrażając przetrwaniu resztek ludzkości. Nagate wraz z innymi pilotami musi stawić czoła niezwykle groźnemu przeciwnikowi, walcząc w dynamicznych i widowiskowych bitwach kosmicznych. „Sidonia no Kishi” to mroczna, pełna napięcia opowieść science-fiction, która prócz emocjonujących starć pokazuje również dramaty ludzkiego życia, samotność oraz walkę o przetrwanie w zimnej pustce kosmosu.
