Na bezkresnym morzu piasku dryfuje olbrzymi statek-miasto zwany Błotnym Wielorybem. Zamieszkiwany przez społeczność, której większość obdarzona jest nadprzyrodzonymi zdolnościami zwanymi „thymią”, Wieloryb pozostaje odizolowany od świata zewnętrznego, kierując się zasadami oraz tajemnicami, których obywatele nigdy w pełni nie rozumieli.
Chakuro, młody kronikarz obdarzony szczególnie silną emocjonalnością, spędza dni dokumentując wydarzenia na pokładzie niezwykłego statku. Pewnego dnia spotyka zagadkową dziewczynę o imieniu Lykos, spotkanie z którą burzy dotychczasową równowagę i obnaża sekrety dotąd ukrywane przed mieszkańcami. Wkrótce idylliczne życie mieszkańców piaskowego statku zostaje zagrożone, zmuszając Chakuro i jego przyjaciół do konfrontacji z rzeczywistością otaczającego ich świata.
„Kujira no Kora wa Sajou ni Utau” to piękna i melancholijna opowieść o dorastaniu, przemijaniu oraz poszukiwaniu własnej tożsamości w obliczu konfliktu i tajemniczych sił, które rządzą ich światem.
