„Appleseed Alpha” to alternatywna historia o początkach Briareosa i Deunan Knute, która nie podąża za kanonem poprzednich filmów z serii. Akcja rozgrywa się w XXII wieku, kiedy to nasi bohaterowie przemierzają dystopijne ruiny Nowego Jorku, szukając miasta Olimp. Zostają wynajęci przez wodza zrujnowanego miasta, aby wyeliminować bojowe maszyny. Podczas walki spotykają Iris i Olsona, którzy są na misji. Deunan i Briareos zaprzyjaźniają się z nimi i decydują się dołączyć do ich zadania. Celem Iris jest powstrzymanie złośliwego cyborga Talosa przed zdobyciem tajnej broni, którą budowało ludzkość, a Talos wykorzystuje Iris do uruchomienia gigantycznej maszyny wojennej.