„Appleseed Saga Ex Machina” to emocjonująca opowieść o Deunan, młodej wojowniczce, i Briareosie, doświadczonym cyborgu-żołnierzu, którzy są zarówno partnerami, jak i kochankami. Jako członkowie E.S.W.A.T., elitarnej jednostki specjalnej służącej Olimpowi, są wzywani, gdy tylko pojawiają się problemy. Ich partnerstwo zostaje poddane próbie na całkiem nowym poziomie po dołączeniu do ich szeregów eksperymentalnego Bioroida o nazwie Tereus.