W dalekiej przyszłości ludzkość podróżuje statkami-koloniami przez kosmos w poszukiwaniu nowych, odpowiednich do zamieszkania planet. Flota Macross Frontier, jeden z takich olbrzymich konwojów kosmicznych, zbliża się do nieznanych terytoriów galaktycznych. Na pokładzie żyją ludzie prowadzący zwykłe życie — w tym nastoletni pilot Alto Saotome, sfrustrowany swym życiem i marzący o prawdziwej wolności. Kiedy tajemnicza obca rasa nagle atakuje flotę, Alto nieoczekiwanie znajduje się w centrum konfliktu, który odmieni los całej kolonii. Pełna ekscytujących bitew powietrznych, muzyki i dramatycznych zwrotów akcji seria podkreśla znaczenie odwagi, przyjaźni oraz siły ludzkich marzeń pośród chaosu intergalaktycznej wojny.
