„Macross Δ” to kontynuacja sagi, osadzona osiem lat po wydarzeniach z „Macross F”. Galaktyka jest stopniowo pochłaniana przez tajemnicze zjawisko znanym jako syndrom Var. Nowe pokolenie wybitnie zdolnych pilotów Valkyrie musi stawić czoła temu wszechogarniającemu zagrożeniu. Ich misja jest jeszcze trudniejsza, gdyż do rywalizacji stanęła drużyna Aerial Knights Valkyrie z Królestwa Wiatru. Czy Delta Squadron poradzi sobie z tym wyzwaniem?